明朝初年为汉王府花园，清朝为两江总督署花园。太平天国建天朝宫殿时予以扩建。因花园位于宫殿西侧，又称“西花园”，与东花园相对称。清军破城时被毁，曾国藩于同治九年(1870年)重建。

1912年1月中华民国临时政府成立， 孙中山的临时大总统办公室和起居室就设在煦园内。此后，又先后作为江苏讨袁军总司令部、南京留守府、江苏都督府、督军署、副总统府等机构的办公处。1927年4月国民政府成立后，国民革命军总司令部(与北伐军总司令部合署办公)、国民政府军委会、参谋本部，以及总统府军务局等机构，都曾在园内设有办公处。

煦园为著名的江南园林，与总统府连为一体，至今还保留有诸多著名的遗址景点，如石舫（不系舟）、夕佳楼、忘飞阁、漪澜阁以及清代碑刻等。