1853年太平天国建天朝宫殿时辟两江总督署东侧为东花园。1864年清军攻破天京时被毁，成为清两江总督署的一部分。1928年10月，国民政府在此设行政院。1937年11月，行政院随国民政府迁往重庆。南京沦陷后这里成为伪国民政府的铁道部和交通部。1946年5月国民政府“还都”南京后,行政院旧址先后作为国民政府社会部、地政部、水利部及侨务委员会的办公处。

东花园现有行政院办公楼、陶林二公祠、复园、“勋高柱石”碑及碑亭、清代四合院、古井、马厩、军乐队等诸多景点。