因国民政府主席林森字“子超”，故又称“子超楼”。由南京鲁创营造厂承建，耗资106952元（银元)。设计者虞炳烈。

1937年12月日军侵占南京， 此楼被日军中岛部队和十六师团占用。1938年3月成为伪维新政府行政院办公楼。1940年3月汪伪政府成立后，为伪立法院、监察院等机构办公场所。

抗战胜利后国民政府由重庆还都南京，此楼先后作为国民政府和总统府的办公楼 。内设林森的主席办公室 、蒋介石的总统办公室、李宗仁的副总统办公室、秘书长办公室以及国务会议厅等。

楼前两棵雪松，为国民政府主席林森手植。树苗从印度进口，价格昂贵，以寸计金。